תוכנית מיל"ת הפועלת ב – 17 גני המועצה,מופעלת ע"י צוות חינוכי ומספקת ארוחה חמה החל מתחילת שנת הלימודים תשע"ב, לאחר שלושת חודשי הפעלה התכנסה וועדת היגוי בה השתתפו מפקחות משרד החינוך, נציגי תוכנית מיל"ת ונציגי מחלקת הגנים במועצה והביעו הסכמה רחבה על כך שילדים זקוקים למענים הוליסטיים המתייחסים לצרכיהם מן ההיבט הלימודי, הרגשי והחברתי, ושגן הילדים מהווה מקום מתאים למתן מענים כאלה.
ילדי הגנים בגלבוע ייהנו מפעילות נוספת הכוללת העשרה וטיפול פרטני בילדים עם ליקויי למידה, קשיים רגשיים והתפתחותיים בשיתוף ובהסכמת ההורים ובליווי צוות מקצועי.